忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。 仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。 だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。 主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。 彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。 ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。 なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！ 伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。 一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！ こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。 一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。 だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。……
