自从第一部的故事结束不久后，影片的四位主角就又坐不住了。狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛丽亚伙同第一部中的几位企鹅大仙们再次出动，只不过这回他们受到了自然的召唤。想要重新回归自己祖先生活的天堂——非洲大草原。于是在一些本地土著小浣熊没错，就是功夫熊猫阿波他师傅那个物种的帮助下，弄来了一架甚是拉风的飞机，由几企鹅驾驶，在一片热烈的欢呼声中启航了！飞机是好飞机没错，但驾驶员水平怎么样就值得研究了！当飞到马达加斯加岛上空时他们听到了激动人心的好消息——我们要降落了！当然，降落的方式是坠机！……
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